La designación de Juan Manzur como jefe de gabinete causó malestar en el sector feminista del Gobierno y de la militancia del Frente de Todos que señala al tucumano como un dirigente "pro-vida". A su vez, desde los movimientos de mujeres señalan la desigualdad de género existente en el gabinete y que todas las nuevas designaciones corresponden a hombres.
Manzur además estuvo en contra de la aprobación de la ley del aborto legal y gratuito y desde su provincia ejerció una fuerte resistencia para que el proyecto no avanzara en el Congreso en 2018 y 2020. Incluso marchó personalmente junto a los "celestes" en Tucumán junto al muñeco del bebé gigante. Por eso ya era catalogado como un enemigo de "las verdes" que integran el oficialismo.

El caso paradigmático es el de la ministra de Mujeres, Géneros y Diversidad, Elizabeth Gómez Alcorta, que denunció a Manzur en la Justicia en 2019 por "obstaculizar" el aborto de una niña tucumana que había sido abusada sexualmente.